Après avoir perdu l'amour de sa vie, James Sunderland reçoit une mystérieuse lettre semblant provenir de celle qu'il croyait disparue. Intrigué, il retourne à Silent Hill, une ville autrefois familière mais désormais plongée dans un cauchemar brumeux. Au fil de ses recherches, il découvre des rues désertes, des créatures monstrueuses et des personnages énigmatiques. Confronté à ses peurs les plus profondes, James s'enfonce dans une réalité de plus en plus troublante où passé et présent se confondent. Chaque rencontre le rapproche d'une vérité terrifiante qui menace sa raison.

Le Docteur Pretorius et son assistant Crawford Tillingast sont des chercheurs spécialisés dans le paranormal. Ils mettent au point un appareil censé stimuler la glande pinéale située dans le cerveau humain. Lors de la première mise en route du "résonateur", d'étranges créatures vont apparaître et attaquer les deux scientifiques...

Thale déménage dans une nouvelle ville pour amorcer un nouveau départ après la mort de son père. Ses relations sont très compliquées avec sa mère et la communication est rompue. Lors d'une fête organisée près d'un bois, elle et deux autres étudiants sont brutalement attaqués par une énorme bête sauvage. Elle en réchappe miraculeusement avec une simple blessure mais semble changer peu à peu de comportement...