Ethan Hunt et son équipe du FMI (pas le Fond Monétaire International, l'autre...) reprennent du service pour traquer une arme terrifiante qui menace l'humanité toute entière. "L'entité" contrôle nos réseaux, notre présent et devine notre futur ceci afin de prendre l'ascendant et créer un nouvel ordre mondial. Mission Impossible va relever le plus grand défi de son existence.

Fraîchement débarquée d'une météorite, une race de créatures extra-terrestres particulièrement belliqueuse et fertile va élire domicile dans la cave d'une maison (qui n'en demandait pas tant). Peu à peu, le terrible monstre va lancer sa progéniture à la conquête du monde, au grand dam des habitants de la demeure..

Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...