Les humains sont empêtrés dans une guerre contre l'Intelligence Artificielle qu'ils ont eux-même fait naitre. Joshua, ancien soldat d'élite ayant perdu toute sa famille lors d'un raid, est affecté à une mission destinée à détruire un élément essentiel des résistants de l'IA. Une arme potentiellement très dangereuse, capable de renverser le cours de la guerre...

Après les événements sanglants du précédent opus, le terrifiant Jason Vorhees est emmené à la morgue du coin. Pas tout à fait mort, il parvient à s'en échapper et retourne au camp de Crystal Lake. Trish, Tommy et leur maman arrivent dans leur maison de vacances tout près de là et font connaissance avec une bande de jeunes venus faire la fête le temps d'un week-end... Mais Jason ne l'entends pas de cette oreille..

Le lieutenant Kate Sinclair, pilote de la Royal Air Force, est abattu en opération au-dessus de l'Afghanistan. Après un échange de tirs qui mènera à la mort de son coéquipier, elle trouve refuge dans un Bunker souterrain situé à proximité de la zone de combat. Elle va alors réveiller des armes biologiques mortelles, mi-humaines, mi-aliens, qui n'auront de cesse de la traquer...