Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

En 1977, le très sérieux New York Times fait état d'une colonie de SDF vivant dans les tunnels sous la ville. Des rumeurs signaleraient que ces mêmes tunnels seraient devenus un lieu de choix pour certains industriels peu scrupuleux afin d'y déposer leurs déchets toxiques. Peu à peu, des disparitions inquiétantes attisent la curiosité d'un inspecteur et du responsable d'un foyer pour sans abris.

De jeunes adolescents victimes de terribles cauchemars sont soignés dans un établissement spécialisé par le docteur Gordon. Nancy, victime dans sa jeunesse du terrible tueur d'enfant Freddy Krueger, décide de leur venir en aide. Elle va proposer à Neil Gordon de tenter un pari fou: tous se retrouver dans le même rêve via l'hypnose afin de combattre le croquemitaine.