Millie et Tom sont en couple depuis de nombreuses années et commencent à souffrir d'un quotidien de plus en plus pesant. Ils décident de déménager à la campagne afin de se donner un nouveau départ. Tom peine à percer dans la musique et est totalement dépendant de Millie, qui exerce en tant qu'institutrice et a retrouvé un nouveau poste sur place. Lors d'une randonnée censée les rapprocher, ils vont tomber sur un mystérieux endroit qui va les infecter et provoquer un changement physique particulièrement éprouvant.

Frank Carveth, alors en plein divorce, découvre des traces de coups sur le corps de sa petite fille Candice. Alors qu'il tente de contacter son ex-femme, internée dans un centre psychiatrique et isolée de tout, des meurtres atroces sont commis dans son entourage. Ils sont perpétrés par de petites personnes, certainement des enfants mais au visage monstrueux...

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.