Ellen Aim est une star internationale et lorsqu'elle se produit dans un gala de bienfaisance à Richmond, elle est enlevée par les "Bombers". Cette bande de motards dirigée par le belliqueux Raven est bien décidée à abuser de son "trophée". Reva, tenancière du bar de la ville, envoie un appel au secours à son frère Tom Cody pour qu'il accepte de secourir la star. Ancien grand amour d'Ellen, Tom accepte d'aller la chercher mais contre le versement de 10000 dollars...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...