Un bateau abandonné flottant au large du port de New-York est intercepté par les garde-côte. Après être montés à bord, ils sont brutalement attaqués par un homme en partie décomposé. La fille du propriétaire du bateau est interrogée et découvre que son père est parti s'installer sur une île tropicale, sans jamais revenir. Elle décide alors, aidée d'un journaliste, de se rendre sur les lieux afin de comprendre ce qui a pu lui arriver...

Une jeune mannequin en vogue est enlevée lors d'une soirée dans une boite de nuit. Elle se réveille captive, dans une sorte de cave, à la merci d'un mystérieux psychopathe semblant vouloir garder le contrôle absolu sur elle. Peu à peu, elle se rend compte qu'elle n'est pas seule et qu'un autre homme a également été enlevé. Ils vont tout tenter pour échapper à leur dangereux ravisseur...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...