Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Peter Williams, un prêtre Américain exerçant au Mexique, tente un exorcisme contre l'avis de sa hiérarchie. Il parvient à chasser le démon mais se retrouve possédé à son tour; ce qui lui fait commettre l'irréparable. Dix-huit ans plus tard, son terrible pêché le hante toujours et va bien malgré lui déclencher une bataille intérieure dépassant l'entendement.

Une ingénieur de génie met au point un robot androïde capable de se substituer aux parents dans l'éducation de leurs enfants. Elle devient dans le même temps la tutrice de sa nièce, devenue orpheline à la suite d'un accident de voiture. Peu à peu, Megan va prendre de plus en plus de place jusqu'à devenir la "mère" par substitution de l'enfant, ce qui va entrainer de terribles conséquences.