Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Riley est paumée. Après une cure de désintoxication, elle s'installe chez son frère en attendant d'aller mieux mais les relations ne sont pas au beau fixe. Son petit ami lui propose un coup facile pouvant leur faire gagner beaucoup d'argent: dérober une boite à un collectionneur. Une fois celle-ci entre leurs mains, ils vont se rendre compte qu'ils sont tombés dans un piège dont on ne sort pas indemne.

Bien décidé à élucider la disparition de sa sœur en 1994 dans la forêt de Blair (rien à voir avec Tony ni avec un tarin quelconque), James y part en pèlerinage avec quelques amis et une tripotée de caméras. Rencontrant deux autochtones en route, ils vont bien vite se rendre compte que la légende de la sorcière ne serait pas si improbable que ça..