Howard Philip Lovecraft, romancier mystique puisant son inspiration dans les côtés sombres de son esprit, obtient le droit de consulter le Necronomicon, livre ancien écrit sur de la peau humaine. Il dévore l'ouvrage maudit afin de s'en inspirer et en tire 3 histoires terrifiantes. Plus ses écrits avancent, plus il va sombrer dans les ténèbres invoqués par le livre...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Laissés livrés à eux mêmes après la disparition de leurs parents, Chloe et T.J. tentent de survivre avec le peu de moyens dont ils disposent. Après une tentative de vol qui a mal tourné, Chloe va devoir sauver son frère en s'introduisant dans une morgue contenant un cadavre qui pourrait le compromettre. Seul moyen d'y arriver, se faire passer pour un cadavre...