Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.

De retour de l'université après ses séries d'examens, Lucy rejoint sa famille dans sa jolie maison d'Hawaii pour un week-end bien mérité. Elle y retrouve également Ben, le Chimpanzé vivant parmi eux et qu'elle connait depuis son plus jeune âge. Au cours d'une fête autour de la piscine, celui-ci s'énerve brusquement et devient terriblement agressif. La jeune femme et ses amis ne peuvent que se réfugier au centre de l'eau pour résister aux assauts du singe qui devient de plus en plus menaçant et dangereux...

Jonas Taylor est toujours aussi impliqué dans la lutte contre la pollution. Il retourne dans la fosse des Mariannes avec le frêre de Suyin afin de découvrir de nouveaux Mégalodons (entre autres bestioles).Ils vont malheureusement croiser la route d'une exploitation minière illégale qui, au détour d'une explosion, va libérer la colère de toute une faune plutôt hostile au projet (et aux humains)...