La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Adam Clay est un ancien "Beekeeper", il protégeait la ruche. Désormais il élève réellement des abeilles et produit du miel sur le terrain d'une femme qui prend soin de lui, Eloise Parker. Cette dernière est victime d'une arnaque au hameçonnage et perd non seulement ses économies mais également 2 millions de dollars qu'elle administrait pour une association. Dévastée, elle se suicide. Adam va alors reprendre du service et s'employer à venger méthodiquement sa voisine.