En 1977, le très sérieux New York Times fait état d'une colonie de SDF vivant dans les tunnels sous la ville. Des rumeurs signaleraient que ces mêmes tunnels seraient devenus un lieu de choix pour certains industriels peu scrupuleux afin d'y déposer leurs déchets toxiques. Peu à peu, des disparitions inquiétantes attisent la curiosité d'un inspecteur et du responsable d'un foyer pour sans abris.

Sophia, une brillante scientifique spécialiste des requins, a décroché depuis qu'elle a perdu toute son équipe lors d'une attaque terrible de Lilith, un spécimen très particulier. Mais quelques temps plus tard, une autre équipe de scientifiques découvrent que la balise placée sur ce requin est de nouveau détectée... dans la Seine à Paris...

Le lieutenant Kate Sinclair, pilote de la Royal Air Force, est abattu en opération au-dessus de l'Afghanistan. Après un échange de tirs qui mènera à la mort de son coéquipier, elle trouve refuge dans un Bunker souterrain situé à proximité de la zone de combat. Elle va alors réveiller des armes biologiques mortelles, mi-humaines, mi-aliens, qui n'auront de cesse de la traquer...