Kate et son équipe sont sur le point de tester une technologie qu'ils ont inventé pour neutraliser une tornade. Malheureusement, le test grandeur nature se solde par une véritable tragédie. 5 ans plus tard, Kate est de nouveau sollicitée pour participer à un programme de collecte de données 3D afin de lutter contre les tornades. Elle finit par accepter et va se retrouver de nouveau face à ses peurs...

Quatre ans après les événements de "Halloween Kills", Laurie vit avec sa petite-fille et écrit ses mémoires. Michael a totalement disparu et elle commence peu à peu à s'affranchir des sentiments de peur et de colère qui l'ont accompagnée pendant des décennies. Mais le spectre de son frère va refaire surface quand un jeune homme, Corey Cunningham, est accusé d'avoir assassiné un garçon qu'il gardait...

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...