Un journaliste vit depuis plusieurs mois en Egypte avec sa famille, dans l'attente d'une promotion. Le jour de l'annonce de son nouveau poste, sa jeune fille Katie est enlevée par une mystérieuse femme. Huit ans plus tard et alors que la famille tente de se reconstruire, Jack reçoit un coup de téléphone lui annonçant qu'on avait retrouvé sa fille, mais dans des circonstances plus qu'étranges... Elle était enfermée dans un sarcophage.

En Afghanistan, un ingénieur sergent-chef de l'armée est envoyé aider un convoi tombé en panne dirigé par son frère. Ce dernier tente de convaincre le sauveur de s'engager avec lui dans les Ranger de l'armée Américaine. Ils sont attaqués par des insurgés Talibans et tous sont éliminés. Tous sauf le sergent-chef qui se réveille à l'hôpital en apprenant la mort de tout le bataillon. Deux ans plus tard, il intègre les sélections pour devenir Ranger et honorer la promesse faite à son frère avant sa mort.

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.