Centre de Londres, la fête bat son plein quand Kate, fatiguée, décide de partir. Dans l'impossibilité de trouver un taxi, elle se décide à prendre le dernier métro. Assommée par l'alcool, elle s'assoupit et se retrouve enfermée dans la station déserte. Un train arrive, elle monte à bord. Totalement seule, elle panique lorsque toutes les lumières s'éteignent et qu'une silhouette semble s'être glissée dans la rame...

Nathan Caine est un employé de banque presque normal. Presque car il est atteint d'une affection génétique rare qui lui confère une insensibilité totale à la douleur. Une de ses collègues s'intéresse à lui et fini par passer la nuit avec lui. Enfin amoureux, Nathan démarre une nouvelle journée au bureau avec le sourire jusqu'à ce qu'une bande de braqueurs attaquent la banque en prenant soin de faire de sa bien aimée une otage...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...