Jonas Taylor est toujours aussi impliqué dans la lutte contre la pollution. Il retourne dans la fosse des Mariannes avec le frêre de Suyin afin de découvrir de nouveaux Mégalodons (entre autres bestioles).Ils vont malheureusement croiser la route d'une exploitation minière illégale qui, au détour d'une explosion, va libérer la colère de toute une faune plutôt hostile au projet (et aux humains)...

Plusieurs couples sont invités à passer un week-end festif chez un riche archéologue afin de fêter une fantastique découverte. Ce scientifique fou réveille alors une armée de morts-vivants avides de chair fraîche qu'il trouve enfermés dans une très vieille crypte. Ceux-ci vont s'attaquer aux pensionnaires du manoir et leur faire passer une véritable nuit de cauchemar.

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...