Après les événements sanglants du précédent opus, le terrifiant Jason Vorhees est emmené à la morgue du coin. Pas tout à fait mort, il parvient à s'en échapper et retourne au camp de Crystal Lake. Trish, Tommy et leur maman arrivent dans leur maison de vacances tout près de là et font connaissance avec une bande de jeunes venus faire la fête le temps d'un week-end... Mais Jason ne l'entends pas de cette oreille..

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...

John Kramer est en phase terminale d'un cancer qui semble incurable. Miné par son existence qui lui échappe, il rencontre d'autres malades comme lui dont un lui conseille un nouveau traitement révolutionnaire. Il part alors pour le Mexique, plein d'espoirs pour une guérison qu'on lui promet miraculeuse. Mais arrivé sur place, il va vite se rendre compte qu'il est victime d'une terrifiante arnaque. Le jeu peut commencer...