Sam est un détenu modèle. Son incarcération se termine et une fois dehors, il n'aspire qu'à une chose: retrouver une vie normale. Malheureusement, son passé va le rattraper et il va devoir quitter le pays pour se rendre en Thaïlande et démarrer une nouvelle vie. Là-bas, il fonde une famille et est enfin heureux. Mais après 5 ans de tranquillité, il va une nouvelle fois faire face à ses vieux démons.

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Bien décidé à élucider la disparition de sa sœur en 1994 dans la forêt de Blair (rien à voir avec Tony ni avec un tarin quelconque), James y part en pèlerinage avec quelques amis et une tripotée de caméras. Rencontrant deux autochtones en route, ils vont bien vite se rendre compte que la légende de la sorcière ne serait pas si improbable que ça..