Un jeune enfant de neuf ans et sa mère, rentrant du cinéma, se font enlever par un faux taxi conduit par un dangereux psychopathe. Après les avoir ramenés chez lui, le monstre tue la mère mais laisse la vie sauve à son fils. C'est le début du calvaire pour celui qui se fera désormais appeler "Rabbit" et qui va passer les 10 prochaines années à devenir l'esclave de ce tueur impitoyable...

Franck Castle effectue sa dernière mission en tant qu'agent infiltré mais elle tourne mal et fait plusieurs morts dont le fils d'un patron de la pègre très dangereux. Celui-ci se venge et fait massacrer Franck et toute sa famille. Par une chance inouïe, l'agent d'élite est le seul à s'en sortir. Une fois remis sur pieds, il décide de libérer sa colère et de réduire à néant l'empire de l'homme qui lui a tout pris, Howard Saint.

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...