Une journée après la terrible tragédie qui a de nouveau touché le camp de Crystal Lake, Jason se remet en chasse. Chris, une jeune femme ayant passé sa jeunesse dans le coin, se remet doucement d'une terrifiante rencontre qu'elle avait fait dans les bois et décide de retourner sur les lieux afin d'exorciser sa peur. Mais ce qu'elle va devoir affronter sera bien plus terrible encore que ce qu'elle pouvait imaginer...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Après avoir lutté contre une pandémie relativement bénigne pendant près d'un an, tout un peuple se repose et baisse la garde en reprenant une vie normale. C'est ce moment que le virus choisit pour muter et devenir une véritable peste psychotrope rendant les gens totalement fous furieux. Tout le monde se met à traquer tout le monde pour assouvir ses pires déviances...