Sophia, une brillante scientifique spécialiste des requins, a décroché depuis qu'elle a perdu toute son équipe lors d'une attaque terrible de Lilith, un spécimen très particulier. Mais quelques temps plus tard, une autre équipe de scientifiques découvrent que la balise placée sur ce requin est de nouveau détectée... dans la Seine à Paris...

Chase et sa petite amie Laine se rendent au "Horror Hound Festival", un festival pour passionnés d'horreur largement basé sur la légende locale, le "Creeper". Laine va rapidement avoir des visions du passé de la ville qui semble étroitement liée à ce monstre. Elle est persuadée que l'invocation d'une chose endormie depuis 23 ans vient d'être réalisée et qu'elle est au centre de la malédiction.

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...