Jason Vorhees, célèbre tueur indestructible de Crystal Lake, a fini par être capturé. Cryogénisé, il est retrouvé 5 siècles plus tard par une mission d'exploration venue de la terre d'asile des humains (l'air de la terre étant devenu irrespirable). Attiré par le molosse comme par un surgelé Picard, ils ne vont pas mettre longtemps à le passer au micro-onde et à décongeler sa carcasse encore bien vaillante...

Reed Richards, un éminent scientifique, embarque avec lui son équipe pour un voyage dans l'espace dont ils reviendront changés à jamais. Leur structure moléculaire modifiée, Reed, Sue, Ben et Johnny vont désormais bénéficier de supers pouvoirs qu'ils vont mettre à profit pour protéger notre planète des menaces extérieures. Et justement, en voilà une, et une grosse. Galactus le dévoreur de planètes a jeté son dévolu sur la planète bleue...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.