Fraîchement débarquée d'une météorite, une race de créatures extra-terrestres particulièrement belliqueuse et fertile va élire domicile dans la cave d'une maison (qui n'en demandait pas tant). Peu à peu, le terrible monstre va lancer sa progéniture à la conquête du monde, au grand dam des habitants de la demeure..

Deux criminels notoires commettent un braquage dans une boutique de prêteur sur gages. Le larcin tourne mal et ils doivent prendre la fuite accompagnés d'une otage qui n'en demandait pas tant. Ils vont se réfugier dans une ferme isolé en espérant se faire oublier et trouver une échappatoire, mais ce qu'ils vont découvrir va s'avérer bien plus dangereux...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.