Robert Verne, médecin à tendances humaniste, est mandaté par l'agence de protection de l'environnement de Washington pour enquêter sur une histoire de pollution dans le Maine. Celle-ci causerait de violents troubles entre les indiens natifs de la région et les dirigeants d'une usine de papier déversant leurs déchets dans la rivière. Celui-ci va découvrir que l'horreur ne se résume pas à la présence de ces abus mais qu'ils ont engendré quelque chose de bien plus terrible...

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.

Le monde s'est effondré depuis que le réchauffement climatique a fait fondre les glaces et libérer des créatures d'une autre dimension. Les hommes ont combattus et ont presque disparus, laissant leur place aux femmes qui prennent les armes et continuent de se battre pour la survie de l'humanité. Un père rescapé des combats passés va tout faire pour protéger sa fille en l'emmenant sur une île pratiquement déserte...