Laissé pour mort à la fin du premier opus, le tueur à la caméra surnommé "Chromeskull" est pris en charge par un étrange commando qui va petit à petit le remettre sur pieds. Après de multiples opérations, son désir de vengeance et sa colère sont décuplés et il compte bien se servir de son organisation secrète pour revenir sur le devant de la scène...

Réputé meilleur pilote de chasse de la marine Américaine pendant plus de trente ans, Pete "Maverick" Mitchell repousse toujours plus loin ses limites en devenant pilote d'essai. Il refuse les promotions qui l'obligeraient à renoncer au vol mais accepte de former un détachement de jeunes pilotes diplômés pour une mission spéciale qu'aucun autre pilote n'aurait pu imaginer. L'un d'entre eux est "Rooster", le fils de son ami disparu, "Goose".

Un pilote émérite doit traverser une énorme tempête sur ordre de sa compagnie qui préfère les économies à la sécurité de ses passagers. Touché, il est contraint de poser l'avion en catastrophe sur une petite île qui se trouve être une zone de guerre dirigée par un despote ultra violent. Il va devoir faire équipe avec un prisonnier qu'il transportait pour espérer sauver ses passagers.