Une bande d'adolescents d'une colonie de vacances, remontés contre l'un de leur moniteur, Cropsy. Ils décident de lui coller une bonne frousse. Mais la blague tourne à l'accident, un incendie se déclare et Cropsy est brûlé sur tout le corps. 5 ans plus tard, il a survécu à ses blessures mais n'a pas oublié toute la souffrance qu'il a enduré. Il va retourner au camp et leur infliger une punition qu'ils ne sont pas prêts d'oublier.

Un journaliste vit depuis plusieurs mois en Egypte avec sa famille, dans l'attente d'une promotion. Le jour de l'annonce de son nouveau poste, sa jeune fille Katie est enlevée par une mystérieuse femme. Huit ans plus tard et alors que la famille tente de se reconstruire, Jack reçoit un coup de téléphone lui annonçant qu'on avait retrouvé sa fille, mais dans des circonstances plus qu'étranges... Elle était enfermée dans un sarcophage.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.