Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Réputé meilleur pilote de chasse de la marine Américaine pendant plus de trente ans, Pete "Maverick" Mitchell repousse toujours plus loin ses limites en devenant pilote d'essai. Il refuse les promotions qui l'obligeraient à renoncer au vol mais accepte de former un détachement de jeunes pilotes diplômés pour une mission spéciale qu'aucun autre pilote n'aurait pu imaginer. L'un d'entre eux est "Rooster", le fils de son ami disparu, "Goose".

Jess est la maman d'un enfant autiste. Afin d'essayer de respirer, elle fait garder son enfant et part pour une virée en mer avec des amis. Pris dans une tempête, leur embarcation coule et ils trouvent refuge sur un immense bateau passant par là. Ils vont bien vite se rendre compte que celui-ci est désert et semble coincé entre plusieurs dimensions... Jess va comprendre que la tempête qu'ils viennent d'essuyer n'était rien en rapport avec celle frappant ce terrifiant navire fantomatique...