Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Une chose énorme sort de son sommeil au beau milieu des montagnes Dovre en Norvège. Après mille ans à attendre, le géant de pierre semble vouloir assouvir une vengeance et se dirige droit sur Oslo. Nora, une paléontologue renommée va devoir mettre ses certitudes scientifiques de côté afin de comprendre la créature et tenter de l'arrêter avant un désastre. Son père, un illuminé, va également lui venir en aide.

Le lieutenant Kate Sinclair, pilote de la Royal Air Force, est abattu en opération au-dessus de l'Afghanistan. Après un échange de tirs qui mènera à la mort de son coéquipier, elle trouve refuge dans un Bunker souterrain situé à proximité de la zone de combat. Elle va alors réveiller des armes biologiques mortelles, mi-humaines, mi-aliens, qui n'auront de cesse de la traquer...