Mike Lowrey et Marcus Burnett, équipiers inséparables, tentent de laver l'honneur de leur défunt capitaine de Police. Ils vont se retrouver aux prises avec un dangereux agent véreux, James McGrath, qui va tout faire pour les éliminer. Heureusement, les Bad Boys c'est pour la vie; et il va falloir lutter pour la conserver.

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...

En 1987 dans un monastère en Pologne, un officier de police enquête sur de mystérieuses disparitions de jeunes femmes aux alentours. Il s'infiltre en se faisant passer pour un moine et tente de trouver une piste qui le mettrait sur les traces de ces pauvres disparues. Mais ce qu'il va découvrir va le plonger dans un cauchemar révélé par les véritables intentions de ces prêtres déchus.