Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

En pleine nuit à 2h17 du matin, tous les enfants d'une classe de l'école primaire de Maybrook se sont réveillés et se sont enfuis de chez eux. Tous sauf un. Alex est le seul élève restant. Paniqués et inquiets, les parents s'acharnent sur l'enseignante, Justine Gandy, persuadés qu'elle est la cause de tous leurs problèmes. Mais ce qu'ils vont peu à peu découvrir est bien pire encore que ce qu'ils avaient pu imaginer.

Réputé meilleur pilote de chasse de la marine Américaine pendant plus de trente ans, Pete "Maverick" Mitchell repousse toujours plus loin ses limites en devenant pilote d'essai. Il refuse les promotions qui l'obligeraient à renoncer au vol mais accepte de former un détachement de jeunes pilotes diplômés pour une mission spéciale qu'aucun autre pilote n'aurait pu imaginer. L'un d'entre eux est "Rooster", le fils de son ami disparu, "Goose".