Lors d’une excursion touristique dans les marécages reculés de Louisiane, un groupe de vacanciers part à la découverte de la faune du bayou. Mais lorsque leur bateau s’éloigne des itinéraires habituels et que le groupe se retrouve isolé, leur aventure tourne rapidement au cauchemar. Dans les eaux troubles du marais se cache en effet un prédateur aussi inattendu que redoutable : un hippopotame extrêmement agressif et territorial.

Polly est seule chez elle lorsqu'on sonne à sa porte. Une vieille femme lui demande l'hospitalité et une fois entrée dépose sur la table une curieuse boite contenant un sablier. Elle lui annonce alors qu'elle va mourir; sauf si elle suit les indications que va lui donner la boite dans le temps imparti. De terrifiantes apparitions commencent à la harceler. Polly va devoir lutter pour sa survie et la nuit qu'elle va passer promet d'être le pire cauchemar de sa vie.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.