Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Un homme est tué à Hawaï juste après avoir expédié un mystérieux colis. Johnny et James, ses deux fils et demi-frères, sont brouillés depuis de nombreuses années mais sont prévenus de sa disparition. L'un est un policier irresponsable et totalement incontrôlable et l'autre un Navy Seals ultradiscipliné. Contraints et forcés, ils vont devoir mettre leurs griefs et leurs différences de côté afin d'enquêter sur la disparition de leur père et percer au grand jour une sombre affaire de corruption.

L'extrême droite prend la tête du pays et des émeutes éclatent un peu partout. Un petit groupe d'amis tente de fuir la capitale après un coup raté qui a entraîné la mort de l'un d'eux. Ils trouvent refuge dans une bien étrange bâtisse tenue par de dangereux dégénérés qui vont leur faire vivre les pires heures de leur existence.