Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Kate et son équipe sont sur le point de tester une technologie qu'ils ont inventé pour neutraliser une tornade. Malheureusement, le test grandeur nature se solde par une véritable tragédie. 5 ans plus tard, Kate est de nouveau sollicitée pour participer à un programme de collecte de données 3D afin de lutter contre les tornades. Elle finit par accepter et va se retrouver de nouveau face à ses peurs...

Cynthia n'est pas une psychiatre comme les autres. Elle a un don, celui de rentrer dans l'esprit de ses patients et d'y traquer leurs peurs les plus profondes. Depuis plusieurs années, elle s'occupe avec sa fille Jordan de cas jugés impossibles ou ne réagissant pas aux thérapies habituelles. Jusqu'au jour ou une fille prénommée Riley vient la consulter en état de choc. Dès qu'elle la voit, Cynthia se rend compte qu'une entité monstrueuse est accrochée à elle et semble se nourrir de sa vitalité. Jordan décide de l'aider coûte que coûte malgré les mises en garde de sa mère...