Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Dans un monde ravagé par la guerre, Sonja, une jeune guerrière d’Hyrkania, voit son peuple massacré et est contrainte de fuir dans la forêt. Des années plus tard, elle est capturée et réduite en esclavage par les hommes du tyran Draygan. Forcée de combattre dans des arènes, Sonja profite de chaque occasion pour se rebeller et finit par rallier à sa cause un groupe de guerriers marginaux.

John Kramer est en phase terminale d'un cancer qui semble incurable. Miné par son existence qui lui échappe, il rencontre d'autres malades comme lui dont un lui conseille un nouveau traitement révolutionnaire. Il part alors pour le Mexique, plein d'espoirs pour une guérison qu'on lui promet miraculeuse. Mais arrivé sur place, il va vite se rendre compte qu'il est victime d'une terrifiante arnaque. Le jeu peut commencer...