Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Une météorite s'écrase à proximité d'une petite ville Américaine et attire l'attention d'un clochard. Lorsqu'il s'approche d'elle et tente de la toucher, il se fait avaler le bras par une masse informe qui s'en est échapée. Cette monstruosité traque tout ceux qu'elle croise et se glisse partout. Très vite, elle devient impossible à arrêter. Meg et Brian, deux jeunes adultes vont tenter de survivre.

Lisa, alias Kali, n'a plus rien à perdre lorsqu'elle apprend que son mari a été exécuté à Rio pour étouffer un scandale de corruption. L'intégrité de celui-ci est remise en cause et sa mémoire salie. Ancienne recrue des forces spéciales, elle se rend au Brésil avec des poings, du sang et des explosifs afin de rétablir la vérité.