Le Docteur Pretorius et son assistant Crawford Tillingast sont des chercheurs spécialisés dans le paranormal. Ils mettent au point un appareil censé stimuler la glande pinéale située dans le cerveau humain. Lors de la première mise en route du "résonateur", d'étranges créatures vont apparaître et attaquer les deux scientifiques...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Simba et Nala ont eu une fille prénommée Kiara. Nala, de nouveau enceinte, demande à Simba de la rejoindre dans une Oasis avant que l'enfant ne naisse. Celui-ci demande alors à Timon et Pumbaa de veiller sur la petite en attendant son retour. Ceux-ci sont rejoins par Rafiki qui décide de raconter une histoire à Nala: l'histoire de son grand-père, Mufasa.