Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Victor Fielding a fait un choix monstrueux lors d'un séisme qui a couté la vie à sa femme en Haïti: sauver son enfant. 13 ans plus tard, sa fille Angela devient amie avec Katherine et suite à une balade dans les bois, disparait avec elle pendant 72 heures. A leur retour, elles ne se souviennent plus de rien et quelque chose semble avoir changé en elles. Victor, désespéré, fait alors appel à la seule personne encore en vie ayant connu pareils phénomènes...

Zephyr est une surfeuse intrépide habituée à affronter seule les aléas que la vie peut mettre sur son chemin. Elle rencontre Moses et terrifiée à l'idée d'avoir un vrai coup de cœur, préfère claquer la porte et partir surfer seule. Par malchance, elle croise la route d'un dangereux psychopathe, fan de requins et bien décidé à l'utiliser comme appât vivant pour les plus beaux spécimens. Elle va devoir lutter pour survivre et tenter d'échapper à ce monstre complètement fou et dénué d'émotions...