Accusé d'avoir tué son mari en état de légitime défense, Marnie Watson est libérée mais contrainte de rester chez elle dans le cadre de la conditionnelle. Elle ne peut s'éloigner de plus de 100 pieds de la maison, enchaînée par son bracelet électronique. Elle va très vite se rendre compte que le fantôme de son défunt mari, plutôt revanchard, est toujours bien présent dans les murs...

Des extra-terrestres belliqueux, ressemblant étrangement à des clowns monstrueux, s'écrasent sur terre avec la ferme intention d'y installer leur chapiteau et de transformer en Barbapapa à peu près tout ce qui respire.. Un couple d'amoureux, un flic et deux marchands de glace vont tenter d'enrayer la vilaine invasion démarrée par les vilains clowns venus d'ailleurs..

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...