Une course poursuite entre extra-terrestres se solde par le largage d'une étrange capsule dans l'espace. Celle-ci s'écrase sur notre planète dans une petite ville des Etats-Unis. Johnny et sa compagne, se promenant en forêt, vont la découvrir avant d'être éliminés. Des années plus tard, deux universitaires relèvent le défi de sortir un cadavre du laboratoire de leur campus et vont tomber sur celui de Johnny. Ce qu'ils vont réveiller va les entraîner dans un véritable cauchemar..

Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Reed Richards, un éminent scientifique, embarque avec lui son équipe pour un voyage dans l'espace dont ils reviendront changés à jamais. Leur structure moléculaire modifiée, Reed, Sue, Ben et Johnny vont désormais bénéficier de supers pouvoirs qu'ils vont mettre à profit pour protéger notre planète des menaces extérieures. Et justement, en voilà une, et une grosse. Galactus le dévoreur de planètes a jeté son dévolu sur la planète bleue...