Quatre ans après les événements de "Halloween Kills", Laurie vit avec sa petite-fille et écrit ses mémoires. Michael a totalement disparu et elle commence peu à peu à s'affranchir des sentiments de peur et de colère qui l'ont accompagnée pendant des décennies. Mais le spectre de son frère va refaire surface quand un jeune homme, Corey Cunningham, est accusé d'avoir assassiné un garçon qu'il gardait...

Trois amis d'enfance se réunissent après la mort d'un de leurs proches pour noyer leur chagrin dans l'alcool. En fin de soirée, ils se retrouvent au cimetière, et afin de lui rendre un dernier hommage, dansent autour des tombes. Mais cet acte en apparence anodin est considéré comme une profanation et les trois pauvres bougres commencent à être hantés par les fantômes des tombes sur lesquelles ils ont dansé...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.