Un journaliste vit depuis plusieurs mois en Egypte avec sa famille, dans l'attente d'une promotion. Le jour de l'annonce de son nouveau poste, sa jeune fille Katie est enlevée par une mystérieuse femme. Huit ans plus tard et alors que la famille tente de se reconstruire, Jack reçoit un coup de téléphone lui annonçant qu'on avait retrouvé sa fille, mais dans des circonstances plus qu'étranges... Elle était enfermée dans un sarcophage.

Ben Mears est un auteur de romans à succès. Il décide de retourne dans sa bourgade natale Jerusalem's Lot. En manque d'inspiration pour son prochain livre, il espère y puiser un peu de matière. Malheureusement, il découvre qu'une terrible malédiction frappe les habitants de cette petite ville autrefois si tranquille. Un mystérieux personnage habitant dans une vieille demeure lugubre surplombant la ville semble "infecter" les humains...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.