Le lieutenant Kate Sinclair, pilote de la Royal Air Force, est abattu en opération au-dessus de l'Afghanistan. Après un échange de tirs qui mènera à la mort de son coéquipier, elle trouve refuge dans un Bunker souterrain situé à proximité de la zone de combat. Elle va alors réveiller des armes biologiques mortelles, mi-humaines, mi-aliens, qui n'auront de cesse de la traquer...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Une météorite s'écrase à proximité d'une petite ville Américaine et attire l'attention d'un clochard. Lorsqu'il s'approche d'elle et tente de la toucher, il se fait avaler le bras par une masse informe qui s'en est échapée. Cette monstruosité traque tout ceux qu'elle croise et se glisse partout. Très vite, elle devient impossible à arrêter. Meg et Brian, deux jeunes adultes vont tenter de survivre.