Une course poursuite entre extra-terrestres se solde par le largage d'une étrange capsule dans l'espace. Celle-ci s'écrase sur notre planète dans une petite ville des Etats-Unis. Johnny et sa compagne, se promenant en forêt, vont la découvrir avant d'être éliminés. Des années plus tard, deux universitaires relèvent le défi de sortir un cadavre du laboratoire de leur campus et vont tomber sur celui de Johnny. Ce qu'ils vont réveiller va les entraîner dans un véritable cauchemar..

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Lance Preston et son équipe des "Grave Encounters" tournent le sixième épisode de leur émission dans l'asile psychiatrique désaffecté de Collingwood. Ils décident de se laisser enfermer pour la nuit et espèrent ramener des images terrifiantes de véritables apparitions fantomatiques. Ce qu'ils vont y découvrir va dépasser toutes leurs espérances...