Eric et Shelly se rencontrent lors d'une cure de désintoxication; ils tombent éperdument amoureux. Shelly étant pourchassée par les dangereux membres d'une secte satanique, ils s'enfuient ensemble mais finissent part être rattrapés et tués. Eric va néanmoins se voir proposer un curieux marché avant de quitter définitivement cette terre... Revenir d'entre les morts pour venger leur assassinat mais à une condition : conserver tout son amour.

Ressuscité par une entité démoniaque, Art le Clown est de retour dans la petite ville de Miles County. Plus fort et quasi immortel, il prend pour cible une adolescente et son jeune frère le soir d'Halloween. Son choix ne semble pas s'être fait par hasard et Sienna va devoir le combattre si elle veut survivre à cette abominable nuit d'horreur.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.