Durant une prise d'otage et après une négociation qui échoue, la police de Los Angeles n'a d'autre choix que d'appeler le lieutenant Marion Cobretti, alias "Cobra", spécialisé dans les actions coup de poing. Celui-ci a la fâcheuse tendance de tirer avant de négocier, au grand dam de ses supérieurs qui n'arrivent plus à le gérer. La violence pour soigner la violence, telle est sa devise.

Année 2047, sept ans après sa disparition le Event Horizon refait surface et semble errer aux environs de Neptune. Son créateur, Weir, embarque avec une petite équipe dans un vaisseau de sauvetage. Ce qu'ils vont trouver sur place va défier toutes les lois de la rationalité. Le Event Horizon semble avoir ramené quelque chose d'indicible de son long voyage dans un trou noir...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...