Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Tommy et Brendan Conlon sont deux frêres séparés depuis des années par un passé familial douloureux. Tommy, ancien Marine marqué par la guerre, revient auprès de son père pour se préparer à un prestigieux tournoi de MMA. De son côté, Brendan, professeur en difficulté financière, reprend lui aussi la compétition afin de sauver sa famille. Le destin les conduit à s'affronter dans l'arène, où les blessures du passé refont surface.

En 1978, une banlieue du Colorado est le cadre de nombreux enlèvements d'enfants. Ils seraient enlevés par un fou surnommé "l'attrapeur", un mystérieux magicien qui rôde à bord de sa camionnette. Finney, un adolescent effacé mais sans histoires, est kidnappé par le forcené et séquestré dans un sous-sol insonorisé. Il est rapidement interpellé par un curieux téléphone noir trônant sur le mur mais relié à aucun réseau...