Une ingénieur de génie met au point un robot androïde capable de se substituer aux parents dans l'éducation de leurs enfants. Elle devient dans le même temps la tutrice de sa nièce, devenue orpheline à la suite d'un accident de voiture. Peu à peu, Megan va prendre de plus en plus de place jusqu'à devenir la "mère" par substitution de l'enfant, ce qui va entrainer de terribles conséquences.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Après avoir survécu à son enlèvement, Finney, aujourd'hui âgé de 17 ans, tente tant bien que mal de reprendre le cours d'une vie normale. C'est désormais sa soeur Gwen qui commence à recevoir des appels du téléphone noir, mais dans ses rêves. Elle y voit sans cesse des garçons se faire pourchasser par un monstrueux tueur dans un camp de vacances appelé "Alpine Lake". Bien décidé à mettre fin à ses horribles rêves, elle persuade son frère de l'aider et de se rendre sur place...