Le dernier massacre qui a touché Woodsboro laisse quatre survivants meurtris et psychologiquement affectés. Sam est désormais incapable de relativiser certaines situations et se méfie de tout et de tout le monde. Désireux de repartir sur de bonnes bases et d'oublier tout ça, le groupe change de vie et s'installe à New-York pour un nouveau départ. Mais Ghostface va rapidement de nouveau interférer dans leurs vies.

Une petite ville côtière s'apprête à essuyer un Ouragan de catégorie 5 qui pourrait bien faire de très gros dégâts. Les habitants s'organisent et tentent de se mettre en sécurité mais plus les vents se renforcent, plus la situation devient compliquée. Le point culminant sera atteint lorsque la montée des eaux entrainera avec elle une bande de requins affamés qui vont faire de la ville leur terrain de chasse du moment...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.