De retour de l'université après ses séries d'examens, Lucy rejoint sa famille dans sa jolie maison d'Hawaii pour un week-end bien mérité. Elle y retrouve également Ben, le Chimpanzé vivant parmi eux et qu'elle connait depuis son plus jeune âge. Au cours d'une fête autour de la piscine, celui-ci s'énerve brusquement et devient terriblement agressif. La jeune femme et ses amis ne peuvent que se réfugier au centre de l'eau pour résister aux assauts du singe qui devient de plus en plus menaçant et dangereux...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Les humains sont empêtrés dans une guerre contre l'Intelligence Artificielle qu'ils ont eux-même fait naitre. Joshua, ancien soldat d'élite ayant perdu toute sa famille lors d'un raid, est affecté à une mission destinée à détruire un élément essentiel des résistants de l'IA. Une arme potentiellement très dangereuse, capable de renverser le cours de la guerre...